目前通过菌群脑肠菌轴治疗癫痫的方法主要有2种： 1. 口服肠道微生态制剂 2. 粪菌移植 粪菌移植是把正常人的整个肠道菌群移植给患者，它面临的主要问题是：难以得到正常的粪便，有时筛查100个大学生，也无法找到一个正常的粪便供者，从而导致成本高居不下；其次，供者粪便中可能存在有害微生物，故还等存在一定风险，使得其在临床上的应用受限。 相比而言，补充特定单一或混合菌株，则安全更可控，服用方便，价格更低，可以持续使用，更适合慢性病的长期治疗需要。

2021年广州医科大学第二附属医院在《癫痫杂志》上，在世界首次报道口服脆弱拟杆菌BF839 可有效治疗难治性癫痫和自身免疫相关性癫痫，这提示脑肠菌轴干预是一种有效的癫痫治疗方法，且无严重和长期副作用，可以为癫痫患者提供一种新的治疗选择。

有学者认为：当各种原因导致的肠道菌群紊乱的时候，肠粘膜屏障受损，肠道中的毒物、细菌/病毒及其代谢产物会通过受损的肠壁进入体内血液，引起体内异常的免疫炎症反应，炎症因子通过血脑屏障进入脑内，或直接通过迷走神经激活大脑的免疫细胞，导致脑细胞受损，一部分神经细胞兴奋性升高而发生癫痫。还常同时引起认知损害、记忆下降、睡眠障碍、行为和情绪异常等其它脑细胞受损的“共病症状”。